按照钱钟书的遗愿，丧事一切从简。杨绛也一再对社科院的领导表示，要尊重钱先生的意愿。十二月二十一日上午八时三十分，北京医院事先征得杨绛同意后，对钱钟书遗体进行病理解剖。十一时，医院工作人员为钱钟书穿上他生前喜欢的衣服。其中有些衣服，是杨绛亲手编织的，杨绛曾打算捐出去救灾，但钱钟书用双手护住，说：“这是‘慈母手中线’，其他衣服可以捐，这几件留着。”
钱钟书的后事安排非常感人，体现了钱钟书、杨绛人格的高度净化。钱钟书生前有遗嘱，但假如不是杨绛坚持按照钱钟书遗愿办，丧事也很难办得如此简朴庄重。有关方面出于好意，希望能够帮助杨绛把钱钟书的丧事办得隆重些。杨绛却坚持说，“钟书走了，他只有这么一点点遗愿，希望大家能够体谅，能够予以满足。”亲友们也都希望送送挽联、鲜花，但都被杨绛谢绝了。
九九藏书二时四十分，钱钟书的灵柩被暂时安置在八宝山火葬场第二告别室。灵堂里依旧没有任何摆设，也没有哀乐。在八宝山的灵堂里，全国政协原副主席、原社科院院长胡绳专程来向钱钟书告别，中共中央政治局委员、中宣部部长丁关根委托中宣部副部长白克明赶来为钱钟书送行。现场没有出现人山人海、络绎不绝的场面，到场送行的始终只有二十多人，包括钱钟书的女婿、外孙、外孙女，他的学生，以及几位闻讯赶来的朋友。
钱钟书逝世的消息发布后，来自全国各地和海外的唁电唁函传给杨绛和中国社科院，法国总统希拉克在给杨绛的唁电中高度评价了钱钟书的学术造诣和他对法中文化交流所作的贡献——
刚刚度过生日的钱钟书在此后的十多天里，病情十分平稳。但在十二月初，却突然高烧。钱钟书的病情不仅使杨绛寝食难安，也牵动着中央九九藏书网领导同志的心，牵动着中国社科院领导同志的心。北京医院的专家多次会诊，采用各种办法，但他的高烧仍持续不退。
钱钟书在弥留之际没有经受痛苦，杨绛始终陪伴在他身旁，不停地用家乡无锡话在他耳边轻轻祝福着。钱钟书的呼吸停止了，杨绛亲吻了他的额头，久久地贴着他的脸颊。
三时许，钱钟书的遗体被送至火化车间。杨绛把白布掀开，微微仔细凝视钱钟书，并将眼镜摘下，目视遗体送进火化间。火化间的门关上时，旁人劝她离开，她说：“不，我要再站两分钟。”钱钟书的遗体火化后，根据他生前的意愿，骨灰当晚就近抛洒。在杨绛主持下，钱钟书后事从停止呼吸到火化完毕，历时五十七个小时。
一时五十分，钱钟书的遗体被送上灵车。杨绛撒了少许鲜花的花瓣，然后拉着曾经协助她看护钱钟书的女护工，一起上了灵车，灵车缓缓西行www.99lib.net。随车送行的人群中，只有钱钟书的家人和王忍之等数人。
人们没有想到，十二月十九日清晨，钱钟书匆匆而去。这位德高望重、学贯中西、成就卓著的学者，对自己的身后事早已作了最简朴的安排。他给夫人杨绛留下这样的遗嘱：“遗体只要两三个亲友送送，不举行任何悼念仪式，恳辞花篮花圈，不保留骨灰。”钱钟书的丧事，留给了与他六十余年相濡以沫的妻子……杨绛。
杨绛非常坚强。她说，钟书不喜欢人家哭他。但悲痛与劳累使杨绛显得疲惫。李铁映请有关负责同志征求杨绛的意见，安排她去想去的地方休养。社科院的有关负责同志还定期到杨绛家里探望。杨绛家里陈设如故，客厅里五六十年代老式的书架上，依然摆放着钱钟书生前阅读的外文书、线装书、人物传记以及读书笔记等。杨绛会客时常着黑色衣裤，钱钟书的家人以及生前的司机、保姆九九藏书网仍沉浸在悲伤的情绪之中。
十一时三十分，钱钟书遗体被送至北京医院告别室。杨绛同意钱钟书遗体在北京医院告别室作短暂停留，以便有关领导在这里向钱钟书作最后凭吊。遵照钱钟书的意愿，告别室内没有挽联，没有挽幛，没有鲜花，也没有播放哀乐，只有洁白的床单和常青松柏、万年青。钱钟书身着一件黑色呢子大衣，戴深蓝色贝雷帽，系灰色围巾，安卧在一具简易棺椁中。杨绛把她亲手扎制的插有紫色勿忘我和白玫瑰的花篮摆放在钱钟书的身旁。
下午一时四十五分，中共中央政治局委员、中国社会科学院院长李铁映来到北京医院，看望杨绛并为钱钟书送行。他握着杨绛的手说：“党中央、国务院的很多领导同志对我说，他们都是钱先生著作的热心读者。他们让我转达对钱先生的悼念之情和对您的问候！社科院同志们都很怀念钱老，都想来告别，遵照钱老后事一切从简的藏书网遗愿，由我代表全院干部职工前来送行。王忍之同志去八宝山为钱先生送行，既是作为生前好友，也是代表院党组和全院干部职工的。”杨绛对此表示深切感谢。
钱钟书大行前最后一句话是：“好好活！”大家都知道钱先生乃无神论者，尽管著作里常援引宗教经典，而杨先生则相反，尽管她并未皈依任何宗教。我们读到杨先生记述诀别场景的文字，脑海里立即浮现出一幅死生契阔的图像。能够想像的是，钱钟书望着妻子哀痛欲绝的面容，不希望她萌生与自己相聚地下之念，于是便有了这最后一次思想交流。
新华社消息还称，“在钱钟书先生住院的病重期间，江泽民总书记和中央其他领导同志一直惦记着钱钟书先生，多次向有关方面问及钱先生的近况。李瑞环、李岚清、李铁映、荣毅仁、王兆国、胡绳等领导同志也曾多次前去探望或打电话表示慰问。”这些都对钱钟书和杨绛带来很大安慰。