秦晓鹰注意到，目前中国农村的压力很大程度上不仅来自于国家政策的缺失，而且来自于国家各级机构的重叠和人浮于事。
秦晓鹰到了《中国财经报》后，一直关注中国经济最敏感的三个方面：农村税费改革，地区收入平衡，国有企业发展。
1998年12月，中央首次提出“走出去”的思想。一个月后秦晓鹰就以“走出去”为题，组织了大规模的采访，领全国新闻界之先。1999年他又组织了大规模的采访西部“北中国万里行”活动，为开发西部大造声势。此项活动比2001年后全国媒体开始大规模报导开发西部早两年。
《中国财经报》是中华人民共和国财政部主办的在财政经济领域的权威性日报。它重在宣传我国以财政、金融为主的经济政策，报道和评述世界财经动态、市场行情以及世经热点新闻，在财政、经济、贸易等领域深受欢迎，发行量在首都发行的500家报纸中居第四名。
另外党和政府机构重叠，使得行政人员充斥政府和党政部门，无形中增加了农民的压力，也不利于整个社会经济的发展。
如果按这种设想，不少人担心，一旦农民不交税了，国家的税收就自然会受影响。秦晓鹰认为，不种地的农民可以免交税，但土地还是这么多，谁种土地谁交税，这并藏书网不影响国家的税收。农民自由离开土地，一方面使他们彻底摆脱土地的束缚，另一方面土地也开始集中到有钱人手里，有钱人开始规划，农村的产业结构就发生了变化，就可能实现高效的农业。
中国农村税费改革试行于2000年，舆论大多认为，通过这种改革，减轻了农民的负担，使农村改革迈出了关键的一步。但秦晓鹰从更深的角度理解认为，减轻了农民负担不等于就解决了农村问题，真正解决农村问题就是要废除加在农民头上的沉重税制。
李昌平是原湖北监利县棋盘乡党委书记，2000年上书国务院总理，反映“农民真苦，农村真穷，农业真危险”，由此引发该县一场被称为“痛苦又尖锐的改革”。
在他看来，村社社会主义也是站在落后的角度来看待资本主义，而不是站在工人阶级的角度来看待资本主义，更多地是对资本主义一种道德的批判，而不是从根本制度上的批判。这是村社社会主义的劣根性。联系到中国的现实，秦晓鹰认为，中国社会主义相当一部分是带有村社社会主义特色的。由于他在这里隐约地批判了以中国人民公社为首的村社社会主义，所以引起社会强烈关注。
对于秦晓鹰的大胆放言，人们为他捏了一把汗。他自己说，我在这个问题９9ｌｉb•nｅｔ
上，比不了李昌平。
且不说他在1979年发表的那篇有关列宁新经济政策的论文的影响多么深入人心，其后他的许多有关中国经济改革的建议也同样发人深省。
他意识到，目前税费改革，让农民少交点钱，这种出发点是好的，但最重要的是研究农业税对不对，合理不合理。在他看来，如果不合理的税就应该废除。因为既然农民也是中国的公民，为什么农民要交农业税？农民为什么不能与城市居民享受统一的税制？城市居民的税是个人所得税，收入超过800元得缴税，而农民没有多少能达到这个水平，如达不到就应免掉。
在这里，秦晓鹰其实是阐释了人与自然的“可持续发展”的话题，而此时是距今15年前的1988年，4年后，中国可持续发展才被提上议事日程。
在秦晓鹰看来，李昌平提出的问题是对的，但展现的前景却非常有限，解决的方法、路子也不彻底，甚至有些混乱。
早在1979年，秦晓鹰就曾花了大量时间研究非洲社会主义。当时他做这种研究并不是为了研究非洲，而是为了研究社会主义在前资本主义国家的历史命运。
从历史上看，20世纪工业化的巨大摧毁力量造就了世界“政治巨人”，如毛泽东、斯大林、罗斯福、丘吉尔，甚至小国也有卡斯特罗、纳赛尔等。秦晓鹰认为，“巨人政治”的社会基础是英雄传说，神话和英雄是同时出现的，农耕社会与工业化同时存在，使得“政治巨人”有着神一般的强大；而这应该是20世纪的产物，在即将进入新世纪的时候，人们对英雄主义的崇拜应该停留在过去的时代。“巨人政治”的消失“说明人类的价值取向正在发生着质的飞跃，由一
个人主宰一群人的时代进化到了每个人都来主宰自己命运的时代”。
藏书网 非洲社会主义在20世纪80年代末遇到严重挫折，在此之前，非洲曾有24个国家宣布实行社会主义制度。秦晓鹰在研究中发现，非洲社会主义有一种村社社会主义的性质，严格说就是农业社会主义，它是拿落后的前资本主义的意识形态来看待社会主义，这使得人们从并不纯粹的社会主义模式中产生了对社会主义的误解。
为了引起社会对东北工业的关注，他在《中国资产新闻》和《中国财经报》都开辟一个系列长篇报道专栏，名曰“共和国长子”，报道共和国第一个五年计划中的东北老工业基地的历史和现九_九_藏_书_网状。此专栏的开辟比2002年以后社会关注东北老工业基地问题早5年时间。
秦晓鹰还认为，随着巨人时代的结束，人改造自然的神话也应该结束。他看到，在物理学和现代力学出现之前，自然在改造人，人要适应自然，所以出现了三种生活方式：一种是采摘，出现在非洲；一种是农耕，出现在中国；一种是渔猎，出现在欧洲。但他同时发现，当生活条件的反作用出现的时候，人类将受到惩罚；同时，一旦人自以为其能力与自然力形成对称式抗衡的时候，产生的最强烈的愿望就是改造社会。在秦晓鹰看来，人与自然应该是和谐相处的，人类在20世纪初所抱有的征服自然的信念和所作所为，其结果必将导致大自然对于人类的毫不留情的惩罚。
联系当前农村、农民和农村社会发展等问题，秦晓鹰针对当前广泛提到的以人为本的口号，尖锐地指出：以人为本，绝不是以农为本，更不是站在落后的生产方式立场上抵御工业化城镇化的民粹主义。真正的人文思想应该是在统一市场中促进劳动力自由流动的思想，应该是在解决城乡二元化基础上农业从传统模式解放出来的思想。他指出，农民进城是一种失望与希望兼有的抉择，城市化、工业化和居民化才是三农的正确出路。秦晓鹰相信，如果真正解决了99lib•net“三农”问题，那中国将会经历一次深刻的政治体制改变。当农业人口在人口总数中下降到30%以下时，一场更加深刻的政治体制改革就会到来。中国的市场化将无可逆转地展现出民主化的前景。他称这又将是“一场千年革命”。
早在1988年，秦晓鹰在《经济学周刊》上对中国政治和经济发出耸人听闻的警示：中国在政治上和经济上有两个“遗产”该告别20世纪了，一个是“政治巨人”的遗产，另一个是人改造自然的神话。
这是秦晓鹰学术上步入经济领域后的一个转折点，为此他享受国务院有突出贡献专家特别津贴。于是也有人把他列为“中国五十个经济学家”之一。
秦晓鹰1994年从中宣部调入国有资产管理局，任宣教中心主任，后任《中国资产新闻》报总编辑；1997年4月起担任《中国财经报》社长兼总编辑。
对于别人称他是经济学家，秦晓鹰颇为不安。在他看来，他只不过像许许多多的中国知识分子一样，是中国经济发展的一个关注者和参与者，在经济学上谈不上有任何建树，只是感到大有做好经济宣传工作之必要和紧迫罢了。而事实上当组识部门决定让他主持《中国财经报》时，显然考虑过他对中国经济发展有着相当成熟的理解，对中国的经济改革有着强烈的责任感和巨大热情。