台有关部门给叶裕镇初步定了三宗罪：利用陈士良收集台军机密情报；通过许希哲收集美台合作军事机密；伪造中山科学研究院证明，向美国购买战斗机使用的尖端设备。
台当局信口开河，胡乱猜疑已不是第一次了，早年台湾“国安局”就指控前社科院台研所所长姜殿铭是中国国安部笫15局局长，并称台研所所长许世铨也有公安部的背景。其实姜殿铭原来是新华社的记者，1990年进入台湾研究所任职前，担任《光明日报》副总编；而当时的台研所所长许世铨在担任所长前是《人民日报》驻联合国的记者。
一位对台情治人员熟悉的分析人士说，台当局四处招募间谍潜伏大陆，搜集情报，却动辄对大陆访客说三道四，乱扣帽子，表明了台湾当政者的阴暗心理。这位分析家进一步说，台湾“国安局”指责余克礼是大陆间谍其实只是一个说词，实际上他们不愿意看到余克礼再踏上台湾岛。因为余克礼不但是大陆两岸政策智囊团中的核心成员，而且是大陆学者中对“台独”势力持强硬态度的人士，余的强硬姿态无不影响着大陆的对台政策。所以台湾一旦宣布余克礼有大陆国安部背景，那他今后再以学者的身份访问台湾几乎是不可能的。
为了给自己的胡乱猜测寻找依据，台方设法通过各种管道摸清余克礼的真实身份。但得到的信息使他们失望：“国安部”与余克礼没有任何关系。台新闻局一位官员事后说，连他们都不认识余克礼这个人，余克礼怎么会和国安部扯上关系？
2000年12月初，台湾“国安局”副局长在民进党团会议上称，年内来台的大陆社科院台研所副所长余克礼不仅是大陆对台政策的高层智囊，实际身份还是“中共国安部”15局副局长。这个说法经民进党立委王幸男向媒体转述后，岛内一片哗然。
余克礼指出，台湾有关方面对大陆对台研究学者的指控，是抱着冷战和僵化的思维来处理两岸关系，把学术交流“政治化”，现在两岸关系正陷入僵局中，如此做法是变相地九九藏书阻挠两岸关系的正常发展，不但得罪大陆方面，台湾内部也会有许多人不满。
立委王幸男同时也称，据他自己掌握资料，现任台湾中央大学物理系教授的吴国祯除了学者身份外，“本身还是中共人大常委”。因此他说“台湾有匪谍”的说法是相当确定的。
“调查局”在侦控时获悉许希哲将于某日与叶裕镇会面后同赴大陆的消息后，立即召开专案会议，决定“
收网”。于是许希哲、叶裕镇等3人被台情报人员以“间谍罪”逮捕。台湾多家电视台爆炒这起“间谍案”。立法院“反卖台联盟”警告说，台湾的“高科技孤男”千万不要被大陆的“女色战术”迷昏了头。
面对台当局的刻意栽赃、凭空捏造，余克礼在对媒体发表谈话时强烈质疑台湾“国安局”指控他为大陆情治人员到底有何目的，他认为九_九_藏_书_网这可能与他访问台湾时坚持大陆政策立场引发与吕秀莲论战，让台湾情治部门不满意，所以故意对他乱扣帽子。
台湾当局一直对大陆人员及与大陆有一定关系的赴台人员的身份和行踪相当敏感，总是怀疑他们有着不同寻常的搜集情报的任务。
但台湾媒体认为，这些罪名不能令人信服。首先，中山科学院电脑系统有明确的机密等级管理制度，什么级别的人有权查看什么级别的机密文件，都有详细规定。陈士良一个低级文职人员，不可能从单位的电脑数据库中获取重要情报。其次，P-3C反潜机采购方面的情况，岛内媒体早就进行了大量报道，还用得着大费周折去“窃取”吗？最经不起推敲的是，美国尖端武器装备对外军售的限制相当严格，就算叶裕镇伪造了中山科学院的证明，美国方面又怎么会傻到不经核实，就随随便便把“战略性高科技军用管制品”卖给别人呢？
许希哲委屈地申诉道：台湾情报部门在他那里找到的所谓军事机密，都是他在网上下载的，ｗｗｗ.99ｌｉｂ•nｅt根本不是什么秘密，台当局加在他头上的是莫须有的罪名。
自大陆实施改革开放政策后，台湾人进入大陆比较自由，台湾军情人员也利用这种方便以各种身份作掩护在大陆自由活动。而大陆人要到台湾却受到种种限制，除了偷渡者外，几乎每一个到台湾的大陆人都受到台湾有关当局的严格审查。即便如此，台湾当局还是对所有进入台湾的大陆人或与大陆有关系的人都心生疑虑，与此同时台当局谍报人员不断向大陆渗透。
此事弄得台情报部门也下不了台。
对于社科院台研所的属性和与大陆国台办的关系，余克礼解释说，社科院是中国国务院最高的部级研究机构，台研所是社科院下辖30多个研究所中最晚成立的一个研究所，所有经费是由财政部拨款给社科院，再下发给台研所；台研所与国台办都是国务院的机构，双方并未有从属关系，由于社科院台研所成立最早，研究人员最多，自然成为国台办最倚重的咨询和研究单位，国台办也会将一些重要研究课题交给该所处理。
1九九藏书网999年，发生在台湾的所谓“许希哲、叶裕镇间谍案”就是台情治人员一手“导演”出来的闹剧，弄得往返于两岸的人员人心惶惶。当时台“国安局”发现爱尹喜科技公司老板叶裕镇多次进入中山科学研究院第三所参观。由于叶裕镇经常在两岸间往来，“国安局”开始怀疑叶的动机。经过几年侦控，“调查局”指控叶裕镇买通波音公司退休工程师许希哲，许希哲又以承包中山科学院网上招标项目为由，与中山科学院负责反潜机上的部分器材采购案的第5组组长陈士良搭上线，策反其收集情报。
一位国际问题专家曾说，台湾向大陆大派间谍，其中有一些很有趣的规律。他们自己吓唬自己，认为大陆在准备攻打台湾，便派出大批特务，企图摸透大陆的军事、政治动向；绝大多数台湾特务收集的情报只讲“大陆的威胁”，于是，“大陆威胁台湾的证据”越堆越多，台湾当局越来越害怕，就越要派出特务，从而形成恶性循环。
回到大陆不到半年的余克礼，怎么也没想到他再次在台湾成为热门话题。