她提出要理顺党政关系，主张党政分开并形成制度；认为健全党的集体领导制度和民主制必须从中央做起。建议实行中央政治局常委向中央政治局、中央政治局向中央委员会定期报告工作的制度，使中央委员会更好地发挥集体决策作用。她还建议建立中央政治局、政治局常委、中央书记处的工作规则和生活会制度，使集体领导制度化等等。另外，她在干部管理制度改革、完善党内选举制度、保障党员民主权利方面也提出了建议。
由调查组高新民执笔写的《对党政一把手监督的思考》的调查报告，深刻分析了一把手屡屡出问题的原因，总结了浙江加强对一把手监督的经验，提出了完善对一把手进行监督的思路。这篇调研报告也被评为全国党校党建调研优秀奖。这两篇调研报告，都被选入中央党校编的调查报告集，报送中央政治局。中组部、中宣部等部门都对这个调查报告给予了很高的评价。
在她看来，十一届三中全会及六中全会开创了新时期党建工作的良好开端，但是，还必须根据新形势、新任务的要求，不断把党的建设的理论和实践推向前进。http://www.99lib.net于是，她大胆地提出党建工作的一些新的想法。
1987年，她在《理论动态》上发表了《努力增强党员民主意识》一文，提出“健全党的民主集中制，发展党内民主，已经成为一个很迫切的问题。解决这个问题的关键是要改革政治体制，主要是改革党的领导制度。只有建立和完善了符合民主集中制原则的体制，才能有效地保证和发扬党内民主”。
理论界人士说，甄小英能在20世纪80年代末勇敢提出对党的领导者进行监督的建议，的确是一种难能可贵的思想突破。
她从前苏联的教训中证明了“不受监督和制约的权力是一种危险的权力”的观点。她说，资本主义国家实行多党制，通过反对党对执政党进行监督，或采用多党联合执政形式，联合执政的各党派之间也进行相互监督。我国的国情与西方不同，我们不能照搬他国多党制的形式。但健全党内的监督制度，完善对党的领导人的监督和制约，对于实现党的最高领导层决策的民主化和科学化，保持党的公正廉洁，具有重要意义。
1988年，她九九藏书 讲的《十一届三中全会以来党的制度建设的理论和实践》和参加编写的《党的制度建设新路》，引起了学员和社会的关注。
她提出要研究列宁设想和曾要求实施的监督体制，即由党的全国代表大会选举出中央委员会及与之平行的中央监察委员会。中央监察委员会可对中央委员会及政治局成员进行监督。以上两个委员会发生意见分歧时，召开两个委员会的联席会议加以解决，或由党的全国代表大会进行裁决。她认为对党的领导人监督的主要内容应该包括政治、经济及道德作风三个方面，并提出“监督不仅如‘防腐剂’‘消毒剂’一样有防错纠错机制，有‘除恶’之功能，同时还有树立榜样的功能，有‘扬善’的效果”。
甄小英教授在《以党内民主推进人民民主》一文中具体提出疏通民主监督的渠道：一是党内监督。强化党员对党的组织、全委会对常委会、党的下级组织对上级组织、党委领导班子各成员之间以及党的纪律检查机关对党员、干部和党组织的监督，保证党的各级领导干部依法行使手中的权力。二是群众监督。在进一步健全九-九-藏-书-网各级人民代表大会制度的同时，积极推行政务公开、厂务公开、村务公开和领导干部述职述廉、社会公示、民主评议、质询听证等民主形式，强化对决策过程和权力运行的监督。三是法律监督。各级人民代表大会负有对宪法和法律执行情况实行监督的最高权力，党的各级组织和全体党员都必须在宪法和法律范围内活动，自觉接受人民代表大会的监督；同时，要充分发挥司法机关和行政监察、审计等职能部门的监督作用。四是加强民主党派的监督。按照“长期共存、互相监督、肝胆相照、荣辱与共”的方针，加强与各民主党派的合作，自觉接受他们的监督。五是舆论监督。通过切实有效的舆论监督，确保党员和各级党组织时刻听民声、察民情、知民意。
她作为调研组长，带领调研组下基层研究非公有制企业的党建问题，以及对党的一把手的监督问题。在调研基础上，她执笔写的《非公有制企业党的建设调研报告》被评为全国党校党建调研一等奖。在浙江省调研时，她发现浙江省70个县市一把手在5年之中，受处分的就有39个，其中因经济问题受处分的藏书网有27个，因非经济问题受处分的有10个，还有两个免于处分。这个调查结果使他们感到非常震惊。这说明党内对党政一把手的监督制度仍有很多漏洞，亟待加强完善。
甄小英教授不是个坐而论道的人，她很重视调查研究，特别关注党的建设中出现的新情况和新问题。从20世纪90年代，特别是党的十五大之后，她到过不少省市去搞调研。为给党的十六大召开做准备，中央党校联合全国党校开展了党建问题大调研。她参加了关于社区党建问题和改革完善党的领导方式问题的调研，在《求实》杂志发表了《社区党建大有可为》的文章，总结阐述了上海社区党建对党建理论和实践的新发展。
甄小英认为，中国共产党一成立，就开始进行制度建设，也制定了不少的制度，但三中全会以前却始终没有形成完整的制度建设理论，在实践上，也始终没有形成一个比较完整的、相互配套的党内制度体系。十一届三中全会以来，党中央拔乱反正，在总结历史经验的基础上，首先抓了党的根本制度的建设。比如十一届六中全会通过《关于党内政治生活的若干准则》，总结了“文化九九藏书大革命”的教训，并加强了新的制度建设，使党建从理论和实践上都进入了一个崭新的历史阶段。
党性教育使甄小英获得了声誉，但是她感到，重视思想建设是中国共产党的一个特点和优点，思想教育固然很重要，但是，教育不是万能的。建设一个充满生机活力而又稳定有序的现代化的马克思主义政党，还必须建立一整套科学的制度，从体制机制上保证党的先进性。于是，甄小英在研究党的思想建设的同时，也非常重视对党的制度建设的研究。邓小平1980年8月18日在中共中央政治局扩大会议上关于《党和国家领导制度的改革》重要讲话发表后，她就开始了党的制度建设的研究。她比较系统地研究了党的制度建设的历史和现状，经验与教训，主持编印了20多万字的《中国共产党法规文件选编》，研究收集了国外一些政党的制度、法规，在全国党校率先开设了党的制度建设课题。
1989年，她又在《党建文汇》上发表一篇名为《对党的领导人的监督设想》的文章，立意是总结“文革”教训，完善体制机制，从制度上防止“文革”重演，引发众多读者对这一问题的热烈讨论。