部分支持“台独”的媒体和个人还对余克礼作出猛烈抨击，甚至以他的名字大作文章，指他名为“克礼”，但却是不知“克”己复“礼”，在台湾的行径有如泼妇骂街，建议当局对他下逐客令。
面对台湾记者的穷追不舍，余克礼就两岸关系发表谈话。他说，当前两岸关系的发展，卡在台湾新领导人对“一个中国”原则的态度上。如果陈水扁接受一个中国原则，两岸什么问题都可以谈，两岸的前途也是光明的，包括“三通”、经贸交流等都可迎刃而解；但如果不接受一个中国原则，两岸关系的前景是不容乐观的。
吕秀莲是台湾“新女性主义”创始人，1969年，赴美国伊利诺大学攻读比较法学，获硕士学位。回台后，任“行政院法规委员会”科长，后改任《中国时报》《台湾时报》专栏作家，拓荒者出版社社长；曾在高雄、台北设立“保护你”专线，倡言维护妇女权益，塑造“新女性”形象。1979年，她出任《美丽岛》杂志社副社长，成为党外运动后起骨干人物，后因“高雄事件”被捕，被判12年徒刑，1985年假释出狱。1991年9月她自任“台湾加入联合国宣达团”团长，1992年12月当选为“立法委员”。写有《新女藏书网性主义》《新女性何去何从》《数一数拓荒者的脚步》《帮他争取阳光》等著作。2000年成为陈水扁的搭档任“副总统”，是一个坚持“台独”主张的顽固分子。
余克礼此次来台前曾于1983年5月和1995年11月两次到台湾考察访问。1999年10月间台湾政治大学国关中心向余克礼发出邀请并决定了次年的行程。由于余克礼是《一个中国的原则与台湾问题》白皮书的主要起草人，又被视为中央政府对台工作的重要智囊，且此行正值台湾领导人交替之际，因此深受瞩目，成为媒体采访的焦点人物。
余克礼在接受台湾《中国时报》记者专访时也透露个中细节。事实上林中斌所称的“余克礼隔空与吕秀莲言语争执”，并不是余克礼挑起的，当余克礼还在北京时，吕秀莲就透过台湾电视媒体，要求余克礼就大陆媒体批她一事道歉；余克礼一抵达台湾桃园机场，台湾记者就问他是否要向吕秀莲道歉。余克礼说，大陆媒体批判吕秀莲，是因为她的“台独”言论，她还在搞“台独”，要他道歉毫无道理。于是吕秀莲第二天便在媒体大骂余克礼“放肆”“人还在台湾作客，却批评她在搞‘台独’”。余克礼气愤九九藏书网地说：“我还没有到达台湾前，就要我道歉，这难道就是待客之道？”
“副总统”吕秀莲通过台湾媒体，恶毒咒骂余克礼有关台湾新领导人应认同自己是“中国人”的讲话是“放肆”，并坚称，如果中国大陆坚持一个中国是中华人民共和国，那么台湾人当然就不是中国人，而是华人。
事实上余克礼访台期间感受到同胞的深情厚意，他与台湾政治大学国关中心主任何思因、副主任吴钊燮及多位研究员，就台湾大选后的两岸情势和陈水扁当选后的大陆政策走向，闭门进行座谈；与亲民党有关人员见面，还拜会了台湾和统会会长梁肃戎。不但接待单位热情招待，一般民众对他也相当友善。
一幅刊登在有“台独”倾向的报章上的漫画，以余克礼及吕秀莲间的争论作为题材。画中，满脸怒气的吕秀莲指着被丑化成野兽、张着大口的余克礼说：“中国的‘叫兽’（教授）来了！”
余克礼对陈水扁的应有表态提出两个期待：一、作为台湾的新领导人应该公开说他是中国人，到目前为止，还不曾听见陈水扁说过；二、即中国只有一个，台湾是中国一部分。他强调这两个是“基本点”，都要有一个态度，否则，只谈其他改善两岸关系的言论，
http://www.99lib.net却在发展两岸关系的基本原则前提上予以回避，效果将是有限的。
余克礼在大陆并非高官，只是一个学者，仅仅在台湾表明了中央政府对两岸关系的原则和立场，就遭到如此炮轰和恶毒攻击，许多人深感困惑。
但消息人士透露，大陆学者余克礼在台湾受到不公平的对待是跟吕秀莲与大陆结怨有关。
余克礼阐述中央政府的“一个中国”原则被台湾支持“台独”的媒体视为一种强硬态度。谈话第二天，台湾3家晚报的头版头条新闻就登出了余克礼的谈话内容。此后台湾“立法院”、政治人物、报章舆论开始围攻余克礼。
对于国民党人士胡志强批评他“不要以为天下都是我的家”，余克礼毫不含糊反击说：“我从北京到台湾，就像从北京到广东、福建出差一样，没有感觉不是在自己家里，没有感觉离开自己家。”
新加坡一位对“余克礼风波”进行跟踪报道的新闻界人士说，余克礼有关两岸关系问题的谈话，其实自始至终都是在记者的再三追问下作出的回应，并非主动表达意见；再说余的言论一直是坚守大陆对台的“一个中国原则”政策的范畴，也就是大陆的一贯立场。面对错综复杂的两岸问题，情绪化绝非好事，既然客人来了，也藏书网表达了他的立场了，作为主人的，何不也心平气和地表达自己的立场，与他充分交流。至于吕秀莲，就如一名国民党立委所说的，余克礼以本来的立场发言，并没有错，但吕秀莲却以“副总统”的名分和一个大陆客人“叫骂”，生怕别人不懂什么叫“泼妇骂街”。
她指摘大陆中央政府说要对陈水扁“听其言、观其行”，其实是放烟幕弹，情报显示中国在东南沿海地区已经加强军力的部署，同时，9位中国重要领导人分别访问20多个国家，把台湾问题变成国际问题。
余克礼称，大陆的“一个中国”原则很清楚，“台湾问题”白皮书中也有详细阐述，“不管台湾领导人怎么变，大陆方面不会改变这项基本原则；两岸发展方向必须统一，大陆12亿人民和台湾绝大多数民众，也会支持两岸走往统一方向”。
吕秀莲在竞选台湾领导人期间在一家香港传媒大放厥词，公然声称：台湾与祖国大陆是所谓“远亲与近邻”的关系，“在血缘方面，在历史上是远亲”“在地理上是近邻”，遭到了大陆及世界华人的炮轰，《人民日报》《解放军报》等报章纷纷发表文章，批驳了吕透莲的“台独”言论，她一直怀恨在心，对大陆充满敌意。
与此同时，国民党发言人胡志强说，余藏书网克礼在台湾的发言，完全是一副“天下都是我的家的样子”；“陆委会”副主任委员林中斌竟煞有介事地说，虽然台湾社会是自由开放，但对于“余先生最近在我们这里的所作所为，我们觉得做客人的还是应有做客人之道”。
2000年4月19日，也就是中国政府“台湾问题”白皮书发表一个多月后，余克礼一行6人应台湾政治大学国关中心邀请对台湾进行访问，没想到这次学术访问却引爆一场“余克礼风波”。
尽管如此，这场学术活动还是因台湾政客的泛政治化演变成一场口水风波。余克礼只能表示遗憾。
余克礼在台湾抨击了林中斌对他的诬蔑，指出，林中斌作为“陆委会”副主委，应知道是吕秀莲挑起争执，不应该一味地讨好台湾新领导人，否则就像台湾学者所形容的“西瓜靠大边”。他认为他在台湾成为媒体追踪采访的对象，主要是吕秀莲所造成的。而作为台湾大陆政策主管部门的“陆委会”，也有意将他短暂的参访活动政治化，严重干扰了他在台湾的学术活动。
他认为，北京在1979年提出“和平统一”的对台方针，是基于国民党时期蒋氏父子坚持“一个中国原则”的基础；同时，北京在1978年底与美国建交的公报中，美国也支持“一个中国”政策。