海漕的路线，前后有所变动。一开始是从平江府（苏州）刘家港入海，经扬州路通州海门县黄连沙头、万里长滩入大洋，沿大陆岸边的山岙而行，经淮安路盐城县、海宁州（连云港西）、密州（诸城）、胶州（胶县），然后东北向绕过山东半岛。从上海出发，到目的地扬村码头（在今天津市），里程为13350里。至元二十九年（1292年），朱清等人又建议另辟新道，从刘家港出发，向东过撑脚沙、三沙、匾担沙、大洪，然后走外洋，经青水洋、黑水洋，过成山、刘岛、芝罘岛、沙门岛，再走莱州以北的大洋，直抵界河口。由于走的是外洋，航行路线较直，距离缩短。第二年，千户殷明略又开创一条新道，从刘家港入海，至崇明州三沙入外洋，向东由黑水洋北上，至成山转西直达界河。这条航线的距离最短，只需十日左右就可到达。不利之处在于走的是大洋，遇到风急浪恶之时，粮船常有损坏，这种情况每年都会发生。但与河运相比，还是显得高效而且成本较低。

由运河运输的漕粮称河漕，由海路运输的漕粮称海漕。京杭大运河初步建成后，由于会通、通惠两河仍未开九*九*藏*书*网挖，漕粮北运仍不大方便，运输成本较高。此前，伯颜打败南宋时，命令张瑄、朱清等人，将南宋朝廷的档案从崇明启程由海道送往京师。至元十九年（1282年），伯颜就设想从海上将江南粮食运送到京师。当年，就命朱清、张瑄等人造了60艘平底海船，装载4.6万余石粮食，从海上起运。为了安全起见，船队沿着海岸线向北航行，又因风向不顺，到第二年才运到直沽。虽然时间长了一点，但总体上来说比河运方便，于是设立两个万户府，专门负责海漕，朱清被任命为中万户，张瑄被任命为千户。由此，江南漕粮由运河、海道两途同时北运。二十八年（1291年），又改设为两个都漕运万户府，由朱清、张瑄二人分管。建康府（南京）、池州（安徽贵池）、饶州（江西鄱阳）等地，最初也是由海船沿长江逆流而上。由于长江江水湍急，江中多石矶，水下暗沙流动，并不适宜平底的海船航行，每年都有一部分粮船在长江中损坏。于是，改为将长江三角洲地区的粮食走海路，损耗由此下降。

在元代的站赤系统中，引人注目的是水站繁多，水运极为发达。元代根据地理条件，大量增设水站。早在中统二年（1261年），忽必烈就下令将一部分陆站撤销：“以牛驿雨雪，道途泥泞，改立水驿。”至元十七年（1280年），中书省规定在江淮行省境内，以水路路程计算，每隔80里设立一处水站，平常公事均走水路。原先设立的各马站，只保留少量马匹，以备紧急情况下的使用：“除海青使臣、军情急务，方许驰驿，余者自济州水站为始，乘船往来。”济州在今山东济宁市，这是要求济州一带区域均使用水站。在中西部地区也设有水站。至元十五年（1278年），元军平定川蜀，建立从叙州到荆南府（湖北江陵）的水站。至元十八年（1281年），对这藏书网条水驿路进行整治，共设水驿19站，“增户二千一百，船二百十二艘”。据《永乐大典》记载，元代在四川境内设有站赤共132处，其中陆站只有48处，而水站多达84处。

各站赤的名称，《永乐大典》卷19426引《析津志》有所记载。陆站（马站）、水站，历代均有，轿站、狗站较为罕见。马站通客旅，车站、江站通货。至于羊在驿站或驿递中起着什么作用，还不清楚。北方各站设驿令，南方各站设提领。每个驿站的站户、馆舍及运输工具（马、牛、车、船等）的配置，按照所在地理位置有所差别，位于交通枢纽上的站赤配置较高。以镇江府路为例，境内有水、马混合站3处。府城丹徒县丹阳驿有馆舍109楹，分为东、西两馆，从陆站而来的客人住西馆，从水路来的客人住东馆。马厩在西馆西侧，有屋45楹。丹阳县云阳驿有客房27楹，厩舍41楹；吕城驿有屋29楹，厩舍41楹。三驿均有正马40匹，船30只，船只按千字文编号。为三个驿站服务的兀剌赤120名、站船夫900名、房夫80名。用驿时，需出示玺书，称之为“铺马圣旨”。遇到军务紧急之事，分别用金字或银字圆符。

更为重要的是京杭大运河的取直。隋朝所开南北大运河，是以洛阳为中心，东北向至涿郡蓟县，也就是元代的大都；东南向经京口（镇江）达杭州。宋、金之际，因黄河决口，黄河下游改从淮河下游入海，此后，南北对峙，此一路线因而废弃。元代一开始的漕运路线是沿淮河至黄河，逆水而行，在河南封丘县西南的中滦旱站上岸，陆运180里至御河（卫河）南岸的淇门镇，再由御河水运至直沽（天津），转达大都。这一条路线迂回曲折，水陆转运不便。于是，就寻找南北向距离较短的九九藏书网运河路线。至元十二年（1275年），郭守敬考察后认为，汶、泗两水相通河道可以通行漕运。于是，在今山东西部开挖新渠，取直南北大运河的工程由此展开。先是于至元十八年（1281年）开挖济州河，以汶水、泗水为水源，自济州（山东济宁）西北到须城安山（东平西南），长约150多里。由此，漕道自淮河入泗水（中运河），经济州河至安山，出大清河经东阿、利津入海，再从海上到直沽上岸，转陆路到大都。后又改为从东阿上岸，陆运到临清，向北入御河。接着是至元二十六年（1289年）开挖的会通河。自安山西南起，引梁山泺（即梁山泊）之水北流，经寿张西北到东昌（聊城），又西北经临清入御河，全长250里。至元二十八年（1291年），又有通惠河的开通。郭守敬引昌平县白浮村神山泉，复引一亩、玉泉各水至大都和义门（西直门）入城，汇成积水潭（什刹海），又东南出文明门（崇文门），到通州高丽庄入白河，全长160余里。自此，江南漕船可直接运粮入大都城区。

元朝是我国历史上疆域辽阔的朝代之一。如何较好地实现人员往来、信息传递和物资运输，成为朝廷维持统治所必须关注的重点。因此，元朝在各地大量设有驿站：“我国家疆理之大，东渐西被，暨于朔南，凡在属国，皆置驿传，星罗棋布，脉络通通九-九-藏-书-网，朝令夕至，声闻毕达。”据明朝人解释，站赤就是汉语驿传文簿的意思。各省站赤的数量如下：

除了内河水站外，元代还特别在沿海地区设立了水站。泉州为元代最大的对外贸易港口，从泉州港进口的商品或外国使臣进献的物品，运往元代都城大都（今北京）的路线，最初为沿陆路至杭州，再从杭州沿水路入大都。从泉州至杭州的陆路交通，大部分为山地，道路崎岖，且气候不适合马匹生存，因而“劳民负荷，铺马多死”。至元二十六年（1289年），尚书省决定在江淮行省设立沿海水站，自泉州至杭州立海站15处，每站备有船舶5艘、水军200名，“专运番夷贡物及商贩奇货”。由于外国商船到泉州的数量有限，而且限于当时的航行条件，一年之内，只有六、七两个月顺风时才能通航，因而沿海水站设立了两年时间便被取消。改为有外国船舶到达时，专门派船将货物运往杭州。在北部沿海地区也设有水驿，至元三十（1293年）年，下令建自耽罗至鸭渌江口沿海水站11所。

众多的驿站组成了一个以大都（北京）为中心、遍布全国的交通网：“圣朝既平宋，经画遐迩，大都小邑，枝疏脉贯，际天所覆，犹身焉。政令之宣布，商旅之通迁，水浮陆驰，舟格梁济，荒陬僻壤，无九九藏书远不达。”在各个行省之内，以行省驻地和各大城市为中心，又形成了本省境内四通八达的交通网。以河南行省为例，元代的河南行省北部、南部基本上是以黄河、长江为界，东至海，最西到达今天陕西平利，形成了以汴梁路、河南府路、徐州、襄阳路为中心的交通网。汴梁即今河南开封，是河南行省的政治中心和交通中心，有四条驿路通往各地：第一条向西至河南府路；第二条过朱仙镇西南向经洧川（尉氏县洧川镇）、南阳府至襄阳路；第三条过朱仙镇向南经*陵、上蔡、汝阳（汝南）、真阳（正阳）、罗山、金竹站（红安西北）、黄陂、黄州路黄冈至蕲州路蕲春，然后入江西行省；第四条向东经杞县、太康、陈州（淮阳）、太和、颍州（阜阳）、寿春（寿县）、庐州（合肥）、六丈站（全椒西）、水口站（滁州市东）、六合，最后到达真州（仪征）。河南府是河南江北行省西北部的交通要道，有三条驿路从此分出：第一条东南向至叶县，与从汴梁至襄阳驿道相接；第二条向西经渑池、陕州（陕县）、阌乡（灵宝西故县镇），进陕西境，可达华阴；第三条东北向入中书省境，经孟州（孟县）至怀庆路（山西沁阳）。徐州是河南行省东部交通枢纽，第一条驿路为水路，东南向经邳州（睢宁北）、宿迁、大清口（淮安淮阴区东）、淮安、宝应、高邮，到邵伯（江都西北邵伯镇），分别达扬州、通州；另一条也是东南向，从陆路向南经灵壁（灵璧）、青阳（泗洪北青阳镇）、临淮（泗洪临淮镇）、甘泉（扬州邗江区甘泉镇）到达扬州。襄阳地处汉江上流，为河南江北行省西南地区的交通要道，向南经安陆府长寿县（钟祥）、臼口站（钟祥南旧口镇），向东入湖广行省，可达武昌路；另一条向南经利阳站、荆门州长林县（荆门）达中兴路江陵县，再向南过洞庭湖可达岳州。