七月，兖州刺史刘遐、临淮太守苏峻等帅援兵万人来到京城，此时，沈充、钱凤等已率叛军渡秦淮河，打到宣阳门。刘遐、苏峻遂率军自南塘横击，大破叛军，叛军投水死者达三千余人。刘遐又在附近的青溪大破沈充军。王含等见势不妙，放火自烧营地，连夜逃遁，官军赢得了决定性的胜利。明帝发布大赦令，以瓦解叛军官兵，惟有王敦死党不在大赦范围之内。又命庾亮督苏峻等追沈充于吴兴，命温峤督刘遐等追王含、钱凤于江宁。王含、王应父子乘单船向荆州投奔王舒，王舒毫不留情地将他们父子投于江中淹死。沈充败归吴兴，迷失道路，误入过去的部将吴儒家中。吴儒诱骗他躲到夹壁中，笑着对他说：“三千户侯我可以垂手而得了。”沈充后悔上当，哀求道：“你不必贪求封侯，如能救我，我宗族势大，必重重报答你。若杀我，必灭你族。”不管沈充如何威胁利诱，吴儒还是杀了沈充，传首京师。钱凤败后，逃到卢州，被王敦手下宁远将军、浔阳太守周光逮捕，旋亦被杀。王敦已死，又被掘墓暴尸，斩首示众。
王敦控制朝廷以后，对太子司马绍的才干和威望十分忌恨，想用不孝的罪名把他废了。王敦大会百官，声色俱厉地问温峤：“皇太子有何德行？”温峤沉静地回答：“大海之深，难以斗量。胸怀远大者，非气量狭小的人可以度量。以圣人之礼衡量，太子堪称为孝。”众人无不赞同，挫败了王敦欲废太子的阴谋。
王敦叛乱得逞后，把持朝政，飞扬跋扈，炙手可热。司马睿愤愤不平，患病死去。永昌元年（公元322年）十一月，司马绍即位，是为明帝。
建兴（公元313年～316年）之初，司马绍任东中郎将，镇守广陵。司马睿为晋王后，司马昭被立为王太子，太兴元年（公元318年）三月，被立为皇太子。
正当王敦加紧准备再次起兵时，他却患了重病。太宁二年（公元324年）五月，他擅以朝廷的名义，拜侄子王应为武卫将军作自己副手；以兄王含为骠骑大将军、开府仪同三司。钱凤对王敦说：“大将军万一有个山高水低，是不是以王应继承大事？”王敦沮丧地说：“非常之事必须非常之人才能承当。应儿年少，哪里能担当这样的大事！我死之后，你们解散兵将，归身朝廷，这是上计；退还武昌，收兵固守，奉事朝廷，进献不断，这是中计；趁我未死，破釜沉舟９９ｌiｂ•ｎet，孤注一掷，大兵东下，直捣建康，这是下计。”钱凤对死党们说：“王公下计，乃是上策！”遂与沈充商定，加快叛乱起事。
王敦因图谋篡位，逼令朝廷征他还朝。明帝为稳住王敦，欣然答应，并亲手书诏，征王敦入朝，加黄钺、佩剑等特殊仪仗，给予奏事不名、入朝不趋、剑履上殿等特殊荣誉。王敦遂移镇姑熟，自领扬州牧。
太宁元年（公元323年）六月，明帝立妃瘐氏为皇后。以皇后之兄庾亮为中书监。
司马绍有文武才干，礼贤下士，喜交宾客，雅好文章。与当时名臣王导、庚亮、温峤、桓彝等人，都有亲密友好的关系。曾与王导辩论学问经义，王导辩不过他。又好习武艺，善于抚慰将士，很得朝野士庶的拥护。
明帝在掌握了王敦的情况后，决心讨伐王敦。为了瓦解叛军、鼓舞官军，王导宣布王敦已死，带领子弟为王敦发丧，人们信以为真，鼓舞了斗志。明帝下诏宣示王敦罪状，宣布亲征其余党钱凤之流。诏书说：“朕亲统诸军，讨伐钱凤。有能杀钱凤送其首者，封五千户侯。诸文武官员被王敦所授用者，一概不问。王敦之军士，单丁在军者，均遣归家，优待终身。其余的与假期三年，休假
www.99lib.net完毕归来，与宿卫官兵同样信任，同等对待。”此诏下达，对王敦一伙在政治上的打击甚大。王敦见到诏书，气得火冒三丈，怒气伤身，病情加重，不能带兵进攻朝廷。王含说：“这是我们家里事，责无旁贷。还是我跑一趟吧！”王敦遂以王含为元帅，于同年7月与钱凤、周抚、邓岳等率水陆五万人，向京城建康进攻，并上疏朝廷，以诛杀奸臣温峤等为口实。叛军来势汹汹，很快打到江宁南岸（即秦淮河南岸）。明帝亲率军队加强防卫。又派遣将军段秀、中军司马曹浑等帅敢死壮士千人于夜间渡河，乘敌不备，进行突袭。第二天凌晨，战于秦淮河南岸的越城，大破王含军，斩其前锋将何康。
永昌元年（公元322年）正月，王敦于武昌举兵叛乱。三月，叛军占领石头城。太子司马绍登上战车，要率将士与王敦决一死战。中庶子温峤认为是冒险取败，坚决劝止。并抽剑斩断马脖子上的皮套，使战车不能启动，司马绍只得作罢。
王允之为王敦之侄，聪明可爱，王敦很喜欢他，常带在身边。一天，王敦与王允之夜饮，允之略饮几盅，不胜酒力，自去先睡。王敦遂与心腹钱凤密商谋叛之事，恰好被王允之听到。为了防9９lｉｂ.ｎｅt止王敦杀人灭口，他故意在床上吐得狼藉不堪。王敦想起还有个孩子在身边，忙去察看，见他卧在吐污之中，才未怀疑。后来，王允之请求回去看望父亲，得到王敦应允。他急忙把王敦与钱凤的谋划，告知其父、廷尉王舒。王舒与王导马上向明帝报告，明帝立即采取防备措施。
明帝以弱制强，终于平定内乱，巩固了东晋政权。他有勇有谋，很想有一番作为，可惜天不假寿，第二年（公元325年）闰八月，他便因病死去，年仅27岁。葬于武平陵，庙号“肃宗”。
王敦得知王含初战已败，气急败坏，在病床上骂道：“我兄真是无用老婢！大势去矣！”对守护在身边的参军吕宝说：“我当拼上老命，抱病前往指挥。”说着，挣扎着起床。但因病重力竭，又重重地倒下，只得作罢。喘息一阵之后，对其舅少府羊鉴和王应说：“我死后，应儿马上即位当皇帝，先立朝廷百官，然后再料理我的葬事。”嘱咐完毕，两腿一蹬死去。然而王应怕王敦死讯传出使军心涣散，秘不发丧，以席裹尸，外面涂蜡，埋于厅内地下，随后便与狐群狗友日夜纵酒淫乐。
东晋明帝司马绍（公元298年～325年），字道畿。元帝司马睿长子。其母荀氏，很可能是鲜99lib•net卑人，生明帝和琅邪王司马裒。司马绍长大后，长着黄黄的胡须，相貌酷似燕代一带的鲜卑人。司马绍自幼聪慧异常，元帝十分喜爱。
明帝早已密知王敦一伙将再次举兵叛乱，他不能忍容王敦像对他父亲元帝那样对自己为所欲为，决心予以镇压。为了做到知己知彼，他换上普通人衣服，乘巴滇骏马，偷偷来到王敦驻军的地方，仔细察看营垒和兵力部署。明帝正察看时，有的军人对这位不寻常的青年起了疑心，向王敦报告。王敦正在睡午觉，听了军人对来人相貌的描述大吃一惊，道：“必是那位酷似外公的黄须鲜卑儿来偷看我的军营。”于是，立即派五名骑将追赶明帝。这时明帝已侦察看完毕，快马加鞭而去。跑了一阵以后，来到一个镇上。马排泄粪便，他即以水灌泡，使其迅速冷却。见路旁有位卖食物的老大娘，明帝将七宝鞭交给她，说：“后面骑将追来，可将此鞭给他一观。”说罢策马而去。不一会，骑将追来，问老大娘：“可曾见到一黄须儿逃走？”老大娘答道：“早已去远了。”并把鞭拿给他们观看。五位骑将哪里见过这般镶嵌着宝玉的珍奇鞭具，忙围上来仔细观看，啧啧赞叹，又见马粪已冷，以为真已经跑远了，遂不再追赶，明帝得以安全脱身。