对后秦反击战的胜利，使秃发傉檀顿感精神百倍，兴奋不已。弘昌七年（公元408年）十一月，秃发傉檀把后秦发的委任状撕毁烧掉，重新称凉王，设置了文武百官，改元嘉平。
打发走沮渠蒙逊不久，南凉的兄弟唾契汗、乙弗等部落正式向秃发傉檀提出脱离南凉，独立门户。秃发傉檀一听，一股怒火从心头燃起，带上兵马就要去收拾它们。护军孟恺认为南凉目前内外交困，不可轻易出兵，便劝道：“庄稼连年欠收，人民饥饿不堪，况且西秦和北凉都对南凉虎视眈眈，百姓整天提心吊胆。现在最好与西秦订立盟约，从它那里换点军粮，等时机成熟再出征也不算晚。”秃发傉檀根本不听，对太子虎台说：“沮渠蒙逊一时半会不会再来，你不必担心，所担心的只有乞伏炽磐。但是，炽磐兵少容易对付，你要好好守着乐都，不用一个月我就会回来。”于是带上7000名骑兵袭击乙弗，夺得了40多万头牲畜。正九_九_藏_书_网要凯旋时，安西将军樊尼从醉起来，气喘吁吁地对秃发傉檀说：“你离开乐都后，乞伏炽磐乘机包围了乐都，虎台麻痹轻敌，一夜之间就被攻陷。虎台和文武百官都被带到了枹罕……”
弘昌六年（公元407年），后秦姚兴派大将姚弼、敛成、乞伏乾归带领3万步骑兵攻陷了昌松，在姑臧城外的西苑安营扎寨，姑臧城内人心惶惶。城中人王钟、宋钟和王娥等人准备当内应，不料走露了风声，被秃发傉檀全部捉拿。秃发傉檀准备杀几个领头的就算了事，前军将军伊力延侯却说：“现在外有强敌，内有奸细，杀掉三个二个根本解决不了问题，应当把他们全部坑杀。”于是5000多人被活埋，数以千计的妇女作为赏品分给了军人。然后秃发傉檀命令各郡县把圈在栏里的牛羊全部放到野地里，秦将敛成一见急忙让士兵抢掠牛羊。正当后秦士兵兴高采烈地抢掠牛羊的时候，秃发傉檀派将军俱九九藏书延和敬归火速出击，杀死了7000多名秦兵。
秃发傉檀还没听完樊尼的汇报，已经两眼发黑，头脑发晕。随同西征的将士见状也慌了手脚，不住地摇晃他。过了许久他突然站了起来，含着眼泪说：“现在乐都已经失陷，老婆孩子全都当了俘虏，想回去也没有家了。惟一的出路就是夺取契汗，赎回我们的妻子儿女。”随行的官兵只好跟着他向西前进。但走着走着，许多人都偷偷地开了小差。秃发傉檀派镇北将军段苟追赶逃兵，段苟也乘机一去不返。段苟一走，其他人更觉得再跟着秃发傉檀没有任何出路，纷纷散去，最后只剩下了纥勃、洛肱、樊尼和阴利鹿四个人跟在他的屁股后面。秃发傉檀见此，百感交集，不禁仰天长叹一声，说：“天地之大，竟然没有我的存身之地，这也太令人痛心了。沮渠蒙逊、乞伏炽磐过去都委身于我，现在去投奔他们，未免太低三下四。与其我们聚在一起死，不如分开或许九_九_藏_书_网还能活命。我在北部还有1万多户兄弟，樊尼、纥勃、洛肱你们三人带着他们去投奔蒙逊。我已经老了，对一切无所谓了，只想见妻子一面再死。”他来到了西平，受到乞伏炽磐的隆重接待，被封为骠骑大将军、左南公。一年之后，他就被乞伏炽磐毒死，时年51岁，谥号“景王”。
秃发傉檀继承南凉王位时，正是后秦的强盛时期。他为人狡猾，虽大建乐都（今属青海），又想占领姑臧，但他见后秦国力强盛，为了博取后秦国君姚兴的好感，主动去掉自己的年号，向姚兴称臣，并派参军关尚出使姚兴。
嘉平三年（公元410年）三月，秃发傉檀带着五万名骑兵攻打北凉沮渠蒙逊。他本来以为这次出兵肯定稳操胜券，不料在穷泉战役中被沮渠蒙逊打得一败涂地，一个人逃回了姑臧。沮渠蒙逊乘胜追击，包围了姑臧。姑臧城内的百姓见北凉来势凶猛，便纷纷向北凉投降。秃发傉檀见状，大为震惊，连忙派儿子沮藏书网渠佗和司隶校尉敬归当人质与沮渠蒙逊讲和，北凉这才撤兵。
东晋兴宁三年（公元365年），河西（今甘肃西部一带）鲜卑秃发部首领思复鞬又得一子。这就是南凉历史上有名的国君秃发傉檀。
弘昌五年（公元406年）六月，秃发傉檀派人给姚兴送去了3000匹马，3万只羊。姚兴看到膘肥体壮的羊、马，乐在心头，当即封他为凉州刺史，让他镇守姑臧。他对姑臧垂涎已久，一到姑臧就自行其是，不再听姚兴的号令了。
秃发乌孤死后，他的弟弟秃发利鹿孤接替了王位。利鹿孤是个甩手掌柜，几乎什么事情都让弟弟秃发傉檀管理，这样，傉檀自然就成了南凉的实际掌权人。他把南凉的军政大事管得有条不紊。建和元年（公元400年）四月，三堆一仗，傉檀指挥士兵大败后凉吕纂，威名大振。建和三年（公元402年）三月，利鹿孤病死，秃发傉檀继位，重新称凉王。
秃发傉檀在少年时候就显得机智勇敢，九-九-藏-书-网颇受父母的钟爱。思复鞬死的时候把政权交给了大儿子秃发乌孤。后来秃发乌孤喝醉酒，从马背上摔下来去世了。
蒙逊撤兵没过多久，秃发傉檀不禁又感到自己太窝囊，便通知大将准备出征。邯川护军孟恺接通知后，急匆匆地找到了秃发傉檀，说：“蒙逊刚吞并姑臧，官兵斗志高昂，不可轻举妄动。”秃发傉檀只想尽快给北凉点颜色看看，哪里肯听孟恺的话！命令军队分五路前进，在番禾掠夺了5000多户百姓，耀武扬威地返回乐都。走着走着，老天突然翻了脸，狂风裹着暴雨无情地向南凉士兵扑来，把他们个个浇得像落水鸡似的耷拉着头。恰在这时，沮渠蒙逊带着军队冲杀过来，打得南凉官兵人仰马翻。秃发傉檀十分狼狈地逃回了乐都，还没来得及换一下衣服，北凉的人马已到城外，秃发傉檀又只好含泪让儿子染干去当人质，北凉撤兵。嘉平六年（公元413年）乐都两次遭到北凉的包围，秃发傉檀又屈辱地让太尉俱延去当人质。