东晋咸安二年（公元372年）四月，降封为海西县公的司马奕被迁徙到吴县。朝廷命吴国内史刁彝着意防卫，又专派御史顾允前往监视。司马奕深知身处险境，言行稍有不慎，即随时有被杀害的危险。于是，表现出安于屈辱、愚钝无知、乐天知命、无所事事的样子。耽于内宠，终日酣饮，恣意声色。甚至生子溺死不养，以示心无远志。桓温知其安于屈辱，无意东山再起，也就不再加害他。
桓温早有政治野心，曾抚枕叹道：“男子汉不能流芳百世，便当遗臭万年。”他本想通过北伐，建立威名，取东晋而代之。但第三次北伐之败，使其名声一落千丈。桓温为此垂头丧气，无计可施。他的亲信郗超阴险狡诈，为他揣摩好一条毒计。某夜，他俩同住在一起，郗超说：“明公权倾天下，大举北伐而一朝兵败。不干一件惊天动地的大事，是难以挽回影响的。只有学伊尹、霍光，九_九_藏_书_网废立皇帝，方可重振雄威。”桓温早有此心，闻计大喜。两人在夜深人静的黑暗角落里，密商了推翻废帝司马奕的阴谋。
东晋废帝司马奕（公元341年～386年），字延龄，为哀帝司马丕同母弟。两岁封为东海王，12岁拜散骑常侍、镇军将军。此后，又改封琅邪王，历任车骑将军、侍中、骠骑大将军、开府仪同三司。兴宁三年（公元365年）二月，哀帝司马丕死去，无子嗣。皇太后下诏，以司马奕继承帝位。
桓温召集百官于朝堂。人们已得知要废掉皇帝，个个面色惊恐，呆若木鸡。因已数代无废皇帝之事，不知礼仪，只得找来《汉书》，按《霍光传》上所述霍光废昌邑王的程序礼仪，以太后令，宣布废皇帝为东海王。桓温命督护竺瑶、散骑侍郎刘亨强行没收皇帝的玺绶。惊恐和羞辱，使司马奕面如死灰，手足无措。他穿着白布单衣，九-九-藏-书-网踉踉跄跄地步下西堂，乘着一辆低规格的犊车离开了神虎门。群臣含着泪水，拥到车前，与被废的皇帝告别。但没有人敢说一句同情或惜别的话，只有一片唏嘘啜泣之声。侍御史、殿中监奉桓温之命，领兵百人，名为护送，实为押解，将司马奕送到东海王府。当天，桓温率百官迎会稽王司马昱即皇帝位。废立皇帝闹剧的导演和主角桓温忙得不亦乐乎，但他没有忘记残酷地处置司马奕的后代。为了斩草除根，他派人将司马奕的3个儿子及他们的生母田氏、孟氏全部杀死。十二月，桓温又奏道：“废放之人，必置之偏远之地。而且不能再管理黎民百姓。东海王应按汉朝昌邑王的先例，加以放逐，安置于吴郡。”太后下诏说：“贬为庶民百姓，实在情有不忍。还是作为例外，仍封他为王吧！”桓温却蛮横地不允，又奏道：“只可封为海西县侯。”于是，降封司马奕为海九-九-藏-书-网 西县公。
太和四年（公元369年）四月，桓温率步骑5万，从姑熟出发，进行第三次北伐，进攻前燕。由于此次缺乏统筹安排，造成桓温孤军深入，而且粮储已尽，又听说前秦的军队将援救前燕，桓温遂匆忙退兵。
司马奕从登基为帝起，就是大司马桓温的傀儡，一直为自己的安危忧心忡忡。他循规蹈矩、谨小慎微，对国家大政，更不敢自作主张，惟恐越雷池一步，招致祸殃。桓温和郗超因找不到皇帝的劣迹，怕贸
然废掉他，人心不服。他俩苦思冥想，忽然计上心来。宫闱禁秘，性事易诬，可以任意造谣，而真相难明，于是，他们捏造谎言说，皇帝早有阳痿症，不能过夫妻生活。他的三个儿子，是嬖幸之人侍奉内寝时与皇帝的美人田氏、孟氏通奸所生。皇帝放纵美人淫乱，浊乱后宫，理应为国人所不齿。桓温命人将虚构的宫廷秘闻广为散布，使尽人皆知。然后，他便可以此为借口，行商伊尹、汉霍光废立之事。咸安元年（公元371年）十一月，桓温气势汹汹地来到首都建康，向褚太后呈交急奏和早已写好的太后令。太后正在宫中佛堂烧香，内侍禀道：“外有急奏。”太后出来，接奏在手，倚户刚看数行即大惊失色。桓温在急奏
中请废掉皇帝司马奕，而立丞相、会稽王司马昱为帝。在写好的太后令中说：“穆帝、哀帝不幸短寿，又无后嗣，故以琅邪王入继大位。没想到他竟如此昏聩，违背礼法，有此三孽，不知为谁人之子。人伦丧尽，丑声远扬，还有何颜面为皇帝。再者，孽子长大，便要封王为藩。这简直是欺诬祖宗，倾移皇基。是可忍，孰不可忍。为此，废司马奕为东海王。”太后悲切难禁，看了一半就看不下去了。她知桓温之意难违，事已无可奈何，命人拿笔墨来，在太后令末尾加上如下的话：“我身为未亡人，不幸罹此忧患，感念存没，心痛如割。”
九_九_藏_书_网九*九*藏*书*网司马昱当皇帝数月，于咸安二年（公元372年）七月死去。此时，司马奕更加克制，以防引起当权者的疑忌，带来杀身之祸。这使他得以安度余生，到太元十一年（公元386年）十月才病死于吴，享年45岁。
司马奕虽为皇帝，但只是一个牌位，实权操纵在权臣桓温手中。此时的桓温已身兼多种要职：征西大将军、侍中、大司马、都督中外诸军、录尚书事、荆州刺史、扬州牧。不过，他并没有满足，为了提高威望，实现代晋称帝的梦想，他要再次北伐。