咸和四年（公元329年）二月，诸军猛攻石头城，苏逸被斩。建威长史滕含的部将曹据在混战中，找到缩于一角、瑟瑟发抖的成帝。曹据抱起小皇帝，奔向温峤的座船。群臣见成帝，皆痛哭流涕，顿首请罪，成帝也满面是泪，哽咽难语。想到刘超、钟雅两位忠臣死得悲惨，又未能亲见叛军的覆灭，他更加感伤。
庾亮专权，他的弟弟庾怿、庾冰、庾条、庾翼，或为朝中高官，或为地方大员，互为势援。庾怿凭恃权势，为了争夺地盘，竟将毒酒送给江州刺史王允之。王允之怀疑其居心不良，便给狗饮酒作试，狗饮后当即口鼻流血而死。王允之惧怕难逃其毒手，只得向成帝密奏。成帝十分生气，发怒道：“大舅已乱天下，小舅又要如此作恶吗！”庾怿见阴谋败露，成帝震怒，遂饮毒酒自杀。
咸和三年（公元328年）正月，平素与司马宗关系密切的临淮太守苏峻率祖涣、许柳等挥兵二万人，以声讨庾亮为名，发动了叛乱。自横江渡长江进攻建康（今南京）。二月，庾亮又拒绝正确意见，在抵御时处处失着，苏峻的叛军遂一路推进，攻入都城，纵火烧台省及诸营寺藏书网署，一时荡尽。庾亮所率之众即皆溃散。庾亮与弟庾怿、庾条、庾翼等，置小皇帝于不顾，抱头鼠窜，逃之夭夭，前往浔阳投奔太守温峤去了。
成帝于成康元年（公元335年）正月即已行加冕礼，并改元，按说应从此亲政。但他长期受制于舅氏，没有独立从政经验，又缺乏雄武的气概，所以在治国方面没有什么建树，惟一可称道的是他用度节俭，不务奢华。他曾想在后园建一射堂，预算要用40金，成帝惜其劳费，下令取消了建堂计划。这也许与他身历苏峻之乱不无关系。
成帝司马衍等人虽然处在叛军的严密拘禁中，还是得知官军获胜、苏峻被碎尸万段，心中抑制不住喜悦，不时交换一下会意的眼光。同时，又更加担心叛军狗急跳墙，对实为阶下囚的成帝君臣下毒手。右卫将军刘超、侍中钟雅等人秘密商量奉成帝逃离魔窟，可惜事泄，苏逸大怒，命兵突入仓房行宫，逮走刘超、钟雅。成帝不顾一切地悲号着抱住刘超、钟雅，哭道：“还我侍中！还我右卫！”兵士如狼似虎一般扑上来，从成帝手中夺走刘超、钟雅，挥刀斩杀。
咸康八年（公九-九-藏-书-网元342年）六月，成帝病死，时年22岁。葬于兴平陵，庙号“显宗”。
庾亮等人逃到浔阳，与温峤商量，起兵讨伐苏峻。他们派人到荆州，请征西大将军、都督荆湘雍梁诸州、专制长江上流的陶侃共赴国难。陶侃应允，于五月率军至浔阳，与庾亮、温峤起兵四万，同向建康进发。苏峻把小皇帝司马衍作为人质紧紧抓在手中，下令把成帝迁到石头城。司徒王导百般阻止，苏峻不予理睬，喝令大臣拥成帝上车。成帝惊惧不已，悲戚哀愁，不禁哭泣起来，不得已爬上车，宫人们一片恸哭。
成帝短暂的一生中，长期做舅舅庾亮的傀儡，短期做叛臣苏峻的囚徒。而苏峻的叛乱，与庾亮的专权和错误处置又有直接关系。
司徒王导奉太后之诏，密令三吴（吴郡、吴兴、会稽）起兵勤王。会稽内史王舒、吴兴太守虞潭、吴国内史蔡谟等皆响应。苏峻派将一一拒战，互有胜负。
东晋成帝司马衍（公元320年～342年），字世根，明帝司马绍长子。太宁三年（公元325年）三月，被立为皇太子。同年闰八月，明帝死，刚刚5岁的司马衍即皇帝位，九九藏书网是为成帝。年号咸和。群臣因皇帝幼小，奏请皇太后瘐氏临朝称制。并以三朝老臣司徒王导录尚书事，与中书令瘐亮、尚书令卞壶参辅朝政。但大权皆掌握在成帝的舅舅瘐亮手中。
苏峻攻占建康后，自任骠骑将军、录尚书事。以祖约为侍中、太尉、尚书令，因王导素有声望，名义上还让他居本官。府库里有布20万匹，金银5000斤，钱亿万，绢数万匹和其他财物，尽被苏峻任意挥霍。而太仓只剩下几石米，维持成帝的生活。
叛军与援救成帝的官军相峙数月之后，九月二十五日，陶侃督水军猛攻石头城。苏峻以8000人迎战，派其子苏硕及其将匡孝分兵冲向赵胤军。赵胤军抵挡不住，向后败退。苏峻正酒醉，高兴地嚷道：“匡孝能破贼，难道我不如匡孝？”一面嚷着，遂脱离大军，与数骑冲向敌阵。区区数骑当然难以攻入敌阵，忙向后撤。不料马踬，将苏峻掀翻。晋军蜂拥而上，将他斩首，割肉焚骨，以泄其愤，三军欢声雷动。叛军见首领已死，遂大溃。苏竣之弟苏逸收集败兵，闭城自守。
苏峻之乱平定后，庾亮十分敷衍地表示谢罪。成帝却亲手藏书网写诏书宽慰他说：“这是国家社稷的劫难，并非舅舅的过错。”还让他都督豫州、扬州之江西、宣城诸军事，为豫州刺史，领宣城内史，镇芜湖。庾亮以外戚辅政，措施失当，促成叛乱，使京都破败，朝廷几致倾覆，而不但不处罚，反仍给以政柄军权，成帝与辅政大臣王导等实在视国家大政为儿戏。
成帝一行人到达石头城后，苏峻命腾出一间仓库库房，作为行宫让成帝栖身。苏峻每日都到成帝住处看看，恶言恶语，肆无忌惮。只要这位凶神恶煞来了，成帝总是心惊肉跳。护侍成帝的几位大臣也都提心吊胆，怕苏峻加害成帝。
元帝在世时，信任左卫将军、南顿王司马宗和右卫将军虞胤。让他俩典掌禁兵，在宫廷内值班警卫。官门锁钥，都交他们掌管。庾亮、王导很不满意。当明帝生病时，庾亮夜里送表奏，向司马宗要入宫的钥匙，司马宗不给，叱责他说：“这是皇宫，难道是自家的门户吗！”庾亮更加愤恨他了。明帝病重时，不愿见人，不让群臣晋见，庾亮怀疑司马宗和虞胤有意作乱。明帝死后，庾亮大权在握，就开始报复打击司马宗等人，夺了他们的兵权。司马宗等难九九藏书免心怀怨恨，预谋解除庾亮职权。结果还是庾亮先下手为强。当御史中丞钟雅劾奏司马宗谋反时，庚亮马上派右卫将军赵胤带兵逮捕司马宗。司马宗拒捕，被赵胤杀死。庾亮又把司马宗的三个儿子废为庶人，将大宗正虞胤左迁为桂阳太守。司马宗是汝南王司马亮之子，是皇帝宗室近属，位势显赫，而庾亮竟然随意灭除。这样做不但大失人心，亦使朝臣人人自危，惊恐不安。而且，诛杀宗室大臣这样的大事，庾亮竟然不向成帝奏明。过了许久，成帝偶而想起白发苍苍的南顿王司马宗，问庾亮道：“往常那位白头公怎么不见了。”庾亮回答：“因谋反罪被杀了”。成帝想起父亲与白头公的交情，对庾亮擅杀大臣十分反感，一边哭泣一边说：“舅舅说人家作贼，便把人杀了。如果人家说舅舅作贼，那又该怎么样呢！”成帝虽然小小年纪，但说的几句话义正辞严，理直气壮，庾亮理亏心虚，无言以答，吓得变了颜色。
经苏峻之乱，宫阙尽为灰烬。成帝从石头城回到建康，只得以建平园为行宫暂居。温峤建议迁都豫章，三吴豪族请迁都会稽，王导力排众议，反对迁都，朝廷才在破败的建康安顿下来。