二说，认为惠帝并没有“阖宫自焚”，而是化装由地道逃出京城，以后乘舟远去，隐姓埋名，剃度为僧，在江浙一带上岸之后，浪迹天涯数10年，云游于滇、黔、巴、蜀之间。史载朱棣即位后，自1405年始，派太监郑和率领庞大的船队七下西洋，不只为加强中外经济文化交流，还带有寻找惠帝踪迹，以防后患的秘密使命。
朱高炽严遵父命，督师固守，连城中的妇女也被动员出来参战。李景隆所统率的南军，却号令不严，指挥不当。兵马虽众，但胆小怕死，不敢向前。惟有都督瞿能，勇敢善战，亲自与两个儿子率领千余精骑，直攻张掖门。眼见就要大功告成，登上城门。但李景隆满怀忌恨，惟恐瞿能父子得了头功，在需要增援时，不仅不发援兵，反而勒令缓攻。燕军藉此喘息机会，连夜泼水于城墙，天寒地冻，第二天城墙上挂遍冰凌，无法登攀，南军就这样失去了攻城的机会。
张昺、谢贵见此情景，不由不信以为真。但谁知燕王府官吏葛诚说：“燕王诈疾，公等慎勿为欺。”两人闻后，正在犹豫间，惠帝已亲自审讯逮至京师的燕王百户官邓庸，获悉燕王谋反的确凿证据，因此严令张昺、谢贵和北平都指挥张信一起，内外呼合，逮捕朱棣。张信过去曾被朱棣信用，接到抓捕朱棣旨令后，一时竟不知所措，便把自己的心事偷偷向母亲叙说了。其母闻言大惊，执意劝子抗命不从。张信权衡利害，果遵母命。他换上便服，乘着妇人车，偷偷进入燕王府，将皇帝下旨掩捕朱棣的消息，一一密报于燕王朱棣。
惠帝信以为真，喜不自胜，即封李景隆为太子太师。李景隆因祸得福，转危为安，对黄子澄自然是感激不尽。建文二年（公元1400年）四月，李景隆在惠帝的多次催促下，不得不誓师德州，率兵60万与朱棣于白沟河（今河北省雄县北）展开决战。这场恶战，两军只杀得山摇地动，日暗天昏，
九*九*藏*书*网结果李景隆又遭惨败。南军被杀死、蹂躏和溺死者达十几万，横尸百里，惨不忍睹。战乱之中，李景隆又潜逃德州，他连御赐的玺书、斧铖也给丢弃了。南军抛弃的器械辎重好似山积。
朱允炆没有庙号，清乾隆元年，追谥为“恭闵惠皇帝”。
朱棣乘胜追击，兵围德州。李景隆又弃德州，逃命于济南。朱棣还是尾追不舍。李景隆只得仓猝迎战。十几万南军布阵未定，就被燕军冲垮。
“靖难”始初，惠帝对频频传来的恶讯还并不在意，只是采取了一些常规的防范措施。首先是祭告太庙，削去朱棣属籍，废为庶人，然后是命长兴侯耿炳文为征虏大将军，率师讨伐。
为出师有名，争取舆论，朱棣援引父亲朱元璋《祖训》中所训示的“朝无正臣，内有奸逆，必举兵诛讨，以清君侧”为理由，直指齐泰、黄子澄为奸逆，须加诛讨。自称举兵为“靖难”。这就是历史上著名的“靖难之役。”
短短数日，五位亲王先后被废黜，暂还苟安的其他亲王俱为震恐。尤其是燕王朱棣，左顾右盼，愈觉大祸即将临头。
张昺、谢贵闻听燕王病重，不信，便入邸问候。虽时值盛夏，红日炎炎，而燕王府邸内却设火炉，炉火熊熊。家人虽大汗淋淋，惟独朱棣身披羔裘，兀坐炉旁，还连呼天寒。
建文四年五月，燕兵过关斩将，向南节节推进。在击败扼守淮河南岸的盛庸军队之后，乘胜渡过淮水，攻下扬州、高邮、通州（今江苏南通）、泰州等江北重地后，屯兵镇江，休养数日，待机进击京城。
燕兵入城，惠帝去向何处？其说有二，各有道理，但又难以定论，遂成为明史一大疑案。
在削除弱藩时，为了防燕王产生异动，惠帝依照齐泰等的建议，先对燕王做了充分防范。首先命工部侍郎张昺为北平政使控制行政，再命都指挥谢贵、张信，分掌北平都司事宜，掌握军队。最后命令都督宋忠，出屯开平，外称为的是防御外寇。最后调遣都督耿王献，练兵山海关，徐凯练兵临清，以行戒备对北平呈包围之势。
谁知朱元璋话音落地，翰林学士刘三吾即抗奏道：“皇孙年富，且系嫡出，孙承嫡统，是古今的通礼。”其他大臣也纷纷表示，应尊重礼法，父死子继，嫡庶有别。
朱元璋临死前曾留有遗诏，令诸王镇守国中，毋须来京。诸王均依照父皇的诏令，遣使吊唁，惟有燕王朱棣不顾父命，星夜南下，当其人马即将到达淮安时，被兵部尚书齐泰侦知，即禀报惠帝，遣使出阻，促令他还国燕京。
两人密语不久，惠帝又收到了户部侍郎卓敬的秘密奏书，劝告允炆：“燕王智虑过人，酷类先帝，现在镇抚北平，地势形胜，士马精强，万一有变，不易控制，应徙封南昌为是。”
当时，辽东方面的明朝军队受命进攻已被朱棣控制的永平，永平被围，军报告急。朱棣同诸将计议说：“我在这里，李景隆不敢来攻。我若率军去援救永平，他准会乘虚而入来攻打北平。到那时我再回师北平，内外夹击，李景隆就大败无疑了。”但诸将都感到北平守兵太少，不敢冒此危险怕丢了根本之地。朱棣说：“城中之众，以战则不足，以守则有余。我此去不只为救永平，还要引诱李景隆来就擒，一举而两得。”
不久，南京连下朝旨，严责朱棣儿子朱高煦擅杀吏民。并将燕王府官吏于谅、周铎捕戮京师。朱棣见势不妙，为减轻惠帝的戒心，示以他无力争夺皇位，便佯装狂夫，披头散发，语言颠倒，走呼街头。他时而抢食市人酒饭，时而奄卧沟渠，竟日不起。
洪武三十一年闰五月，太祖朱元璋病逝。22岁的皇太孙朱允炆登基即大明皇帝位，成为明朝第二代皇帝，是为明惠帝。以第二年为建文元年，但随着朱元璋的去世和朱允炆的嗣位，一场巩固皇权和夺取皇权的斗争就越来越激烈地展wｗw.９９lｉb.ｎet开了。
接着惠帝又于建文元年（公元1399年）初，以有人告发岷王朱梗违法为由，下令将其废为庶人。不久，又有人告发分封在荆州的湘王朱柏有不法行为，朱柏获悉自己被告发，全家自焚而死。接着齐王朱木尊也被削为平民，不久惠帝又下令将代王朱桂囚禁于高墙。
一说，当燕王朱棣“靖难军”打入京师，惠帝闻报，命人点起大火，含泪偕同皇后等投火自尽。
朱棣的不轨行为被惠帝获悉。针对此种局势，惠帝即刻召齐泰、黄子澄等入殿，再次共商对策。这些大臣不久一致主张尽快削藩。但考虑燕王蓄谋已久，恐仓猝下手又引起大乱，这样计划先削废周、齐等弱藩，翦除燕王的手足，待时机成熟后，再一举废除燕王。
事情拖到了洪武二十五年（公元1392年），朱元璋已到60多岁，不立储已不行了。经过了长时间对朱允炆和朱棣的观察思索后，朱元璋最后还是下决心要立燕王朱棣为太子。这年九月，朱元璋亲自召集群臣会议，商量立储事宜。朱元璋说：“国家不幸，太子竟亡。古称国有长君，方足福民，朕意欲立燕王，卿等以为何如？”
另有史载，逃出宫廷隐匿名民间的惠帝在正统朝恢复本来面目，得到明英宗认可，入居宫中，寿年而终。死后葬于北京西山。
朱棣沉鸷智勇，屡建战功，朱元璋曾夸赞说他酷肖自己。因而在皇族中，朱棣特别受到父皇的钟爱。但朱棣不是皇后所生，即不是嫡出。按封建社会有嫡立嫡无嫡立长的礼法，朱棣没有被立太子的资格。皇嫡长子朱允炆才被选立。但朱允炆性格酷似其父亲朱标，优柔寡断，所以朱元璋常常担忧，生怕一旦立允炆为皇孙，难成重器，毁了大明江山。
惠帝阅毕，次日即召卓敬入殿密议。但谁知事机不密，不久新主削藩的流言便很快传遍京师内外。朱棣闻讯后，哪肯束手待毙，一面上书称病，一面在王宫中私制兵器，招兵买马九*九*藏*书*网，搜罗异人术士，加快了应付事变，夺取皇权的步伐。
自太祖朱元璋奠基开国，到思宗朱由检煤山殉国，明代200多年的历史中，有一位在位仅仅4年的悲剧人物，他就是明太祖朱元璋的嫡孙——朱允炆。
在朱元璋的众多子孙中，堪与朱允炆竞争皇储的惟有朱元璋的第四子、朱允炆的叔叔朱棣。
朱棣在击败永平的辽东军队，又设计攻破另一重镇大宁，收编了大批军队之后，回师北平，与坚守在城内的长子高炽里应外合，发起了对南军的全面反击，李景隆哪里抵挡得住燕军潮水般的攻击，由于害怕，竟独自连夜逃往德州。南军将士见主帅已逃亡，也无心再战，丢下粮草兵械，纷纷溃降。
朱元璋一生迭纳数妃，生有26子。长子朱标在被立为太子25年后突然病死。朱标有5子，长子英早亡。身为朱标第二子的朱允炆便成了大明王朝第二代皇储的重要人选。
惠帝见大势已去，只得派人前去北营前求和，可是这时的朱棣根本不予理睬，挥兵直逼金陵城下。这时李景隆和朱棣的弟弟谷王朱橞正在京城内率兵把守金川门，他们见朱棣已兵临城下，便开门迎降，燕兵即刻冲入金陵。
败绩传入京师，惠帝异常懊恼，便召问齐泰、黄子澄对策。黄子澄回道：“胜败兵家常事，不足深虑。臣以为曹国公李景隆，材堪大用，不如改任他来代替耿炳文。”
年轻的惠帝对诸叔父的势力过大也深感不安，经过一番思考后，他接受了一些亲信大臣的意见，决心削平诸叔父的独立王国。加强中央皇权。这一天他召来亲信大臣，原来自己的老师黄子澄计议。黄子澄举汉平七国的故例启示惠帝，惠帝对此欢慰不已。
惠帝即拜李景隆为大将军，并调集诸路50万兵马，进兵河间，以报南军败绩之仇。
朱棣获悉朝旨，跪谢张信救命之恩，且当机立断，先发制人。首先设计谋杀了前来掩扑朱棣的张昺、谢贵等，之后于建文元年秋七月，毅然起兵抗
99lib.net命造反。
九月，朱棣依计率燕军赴援永平。临行时再三告诫留守北平的长子朱高炽说：“李景隆杀来，只宜坚守，不能出战。”他临走时，又故意撤去了芦沟桥上的守兵，以引诱李景隆深入。李景隆不知是计，听说朱棣已率师援救永平，果然于十月匆匆忙忙驱兵直杀北平而来。大军过芦沟桥时，没见一个兵士守卫，便喜不自胜地说：“不守此桥，我看他是无能为力了。”真以为北平唾手可得，遂命大军直遥北平城下。
经过一番争论，朱元璋难以说服众臣，只得屈服于祖制仪礼，含泪收回了爱子朱棣为储的提议，决定立朱允炆为皇太孙。朱棣立储落马，自然愤愤不平。
朱棣闻听京师易将，竟命李景隆披挂帅印，喜不自禁地说：“从前汉高祖用兵如神，还只能将兵10万。景隆竖子，寡谋而骄，给他50万众，这正是自取败亡。”
内外布署完毕，惠帝便于洪武三十一年八月，密令曹国公李景隆率兵千人，奇袭开封，把分封此地的周王朱木肃及妃嫔人等，统行拿下，押解至京，废为平民，贬谪云南。后又召木肃还京，锢禁狱中。
耿炳文领命出师，兵众号称30万，实际上只调集13万人马。足智多谋的燕王朱棣对耿炳文的用兵之术了如指掌。在中秋之夜，他乘南军不备，将南军先锋部队全部歼灭。接着又在滹沱河的北岸，大败耿炳文的主力部队。
朱棣对此怀恨在心。其他诸位亲王虽未起行，但也心怀不满。特别是几位年纪较大的塞王，都是久经战阵，屡建功勋的人物，手里又握有重兵。当然不把年轻孱弱，又无治国安邦经验的侄儿放在眼里。这样一来，不敬之语常出王府，违法之事时有发生。而几乎成为太子，深受父皇宠爱的朱棣对最后都不能望父皇一眼以尽孝心更是恨恨不平。
李景隆兵败北平的消息传到京师后，被黄子澄暗暗匿住。他怕承担误荐之责，竟向惠帝谎奏景隆北平交战获胜，因天寒难以用兵，暂退德州，待明春再战。